Können wir bitte mal eindeutige Begriffe verwenden - da kommt man ja ganz durcheinander, zumal in meinem Alter 
add-on.xml: Das sind die Dateien, in denen die Komponenten einzelner (oder mehrerer) Addons beschrieben sind. Also scenery, texture, effects, simobjects usw. Davon hat der durchschnittliche P3D-Bastler und Flieger für gewöhnlich JEDE MENGE.
add-ons.cfg: Das sind die Dateien mit denen die Addons im Simulator registriert werden. Davon gibt es zwei: Eine in %ProgramData%, eine in %AppData%, jeweils bei "Lockheed-Martin\Prepar3d v4". Die in %ProgramData% ist für alle Benutzer, die in %AppData% nur für den, dessen AppData das sind.
Alle Addons, die unter \Benutzer\Dokumente\Prepar3d v4 Add-ons\ eingetragen sind, werden in der add-ons.cfg in %AppData% registriert. Macht ja auch irgendwie Sinn. Leider scheren sich die meisten Addon-Hersteller nicht um irgendeinen Standard, sondern melden sich an wo es ihnen gerade passt - auch ungefragt. So was hasse ich.
Welche Addons dann per LM-Konzept in %ProgramData% registriert werden sollen, erschließt sich mir jetzt allerdings nicht, denn alle Addons sind ja irgendwie benutzerspezifisch.
Fallbeispiel (wer's glaubt, wird selig):
Benutzer A und B verwenden den P3D auf dem gleichen PC. Benutzer A hat investiert und sich Airports von FS Dreamteam gekauft. Die tragen sich in seiner (%AppData%) Konfiguration ein. Benutzer B hingegen, der kein Geld für FS Dreamteam ausgeben will, fliegt Default-Szenerie.
Anmerkung / Frage: Kann man den P3D tatsächlich unterschiedlich konfiguriert für mehrere Benutzer einrichten? Wenn ja, würden alle Konfigurationen in %ProgramData% für alle Benutzer angewendet werden (es gibt ja auch die exe.xml und dll.xml doppelt) und die Konfigurationen in %AppData% jeweils benutzerspezifisch dazu geladen werden.
Zur Frage 2:
Ich löse das innerhalb des jeweiligen Addons über die Reihenfolge der Einträge und das "Layer"-Argument. In meiner scenery.cfg (in %ProgramData%, also für alle Benutzer) steht nur P3D-Standard und ORBX - die machen das ja noch so. Sie endet aktuell bei Layer 220. Ein Addon, das eine Höhenkorrektur mitbringt, die sich mitunter gerne ungefragt in \scenery\world\scenery installiert, bekommt einen eigenen \AEC\scenery - Ordner, der wie folgt in der add-on.xml eingetragen ist:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<SimBase.Document Type="AddOnXml" Version="4,0" ID="add-on">
<AddOn.Name>SBSL Sao Luis</AddOn.Name>
<AddOn.Description>Freeware Sceneries</AddOn.Description>
<AddOn.Component>
<Category>Scenery</Category>
<Path>E:\P4D_AddOns\Scenery\Freeware\SBSL Sao Luis\AEC</Path>
<Name>SBSL AEC</Name>
<Layer>2</Layer>
</AddOn.Component>
<AddOn.Component>
<Category>Scenery</Category>
<Path>E:\P4D_AddOns\Scenery\Freeware\SBSL Sao Luis\SBSL_LC</Path>
<Name>SBSL Terrain</Name>
</AddOn.Component>
<AddOn.Component>
<Category>Scenery</Category>
<Path>E:\P4D_AddOns\Scenery\Freeware\SBSL Sao Luis\SBSL</Path>
<Name>SBSL Sao Luis</Name>
</AddOn.Component>
</SimBase.Document>
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Gelesen wird die add-on.xml von oben nach unten - was zuerst kommt, wird zuerst geladen. Das Layer-Argument wirkt auf die Priorität der Szenerie. Wie genau der Ladevorgang nun funktioniert, kann ich nicht sagen, aber im Prinzip verhält es sich so:
In der scenery.cfg staht auf Layer 2 das hier:
[Area.002]
Title=Default Scenery
Local=Scenery\BASE
Active=TRUE
Required=TRUE
Layer=2
[Area.003]
Title=ORBX!VECTOR_AEC
Local=ORBX\FTX_VECTOR\FTX_VECTOR_AEC
Active=TRUE
Required=FALSE
Layer=3
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Jetzt kommt meine add-on.xml und schiebt die Höhenkorrektur für SBSL dazwischen - so passt die Priorität dann später. Dann geht es mit der scenery.cfg weiter bis zum Layer 220, dann kommen (quasi als 221 und 222) die Layer für die SBSL Landclass (zuerst) und den Airport (danach).
Abschließende Frage an Capt. PERO: Warum setzt SimStarter ein Layer-Argument in die add-on.cfg - Dateien? Bei mir steht überall Layer 212 (weil bei der Einrichtung von SimStarter das höchste Layer in der scenery.cfg 211 war. Das ist jetzt nicht mehr der Fall. Auf Airport-Ebene macht das zwar nix, aber mit diesem Layer-Eintrag werden jetzt alle von Simstarter bei der Einrichtung erfassten Szenerie-Addons zwischen meine ORBX-Airports geschoben. Wenn das mal nicht irgendwann Probleme gibt...