Servus Daniel,
dazu musst du die Art und Weise verstehen, wie der FS mit den Funktionszuordnungen umgeht.
Es gibt eine devices.cfg, da stehen die Zuordnungen für etliche auf dem Markt erhältliche Steuergeräte zum Zeitpunkt des Erscheinens des FS drin. Dann gibt es eine fs9.cfg, da werden alle von diesen Defaults abweichenden Zuordnungen eingetragen (also das, was du über das FS-Menü einstellst). Dann gibt es FSUIPC, was wiederum eine eigene Zuordnung verwaltet (sofern du sie dort einrichtest).
Und alles beeinflusst sich irgendwie gegenseitig 
Meine Erfahrung ist: Wenn man mit mehreren Steuergeräten arbeitet, die alle am PC angeschlossen sind aber individuell für das jeweilige Flugzeug genutzt werden sollen, macht man das am besten mit einer eindeutigen Konfiguration. Das heißt entweder fs9.cfg oder FSUIPC. Das Unangenehme dabei ist, selbst wenn in der fs9.cfg nichts eingetragen ist, nimmt der FS9 dennoch automatisch eine Belegung vor, wenn er in der devices.cfg etwas findet - und das kollidiert dann möglicherweise mit dem was über FSUIPC eingerichtet ist.
Das heißt: Wenn du ausschließlich mit FSUIPC arbeitest, muss in der fs9.cfg explizit eingetragen sein, dass keinem der angeschlossenen Geräte irgendeine Funktion zugewiesen ist. Das sieht dann z.B. so aus:
[JOYSTICK_MAIN {6ED07F00-5C02-11DC-8003-444553540000}]
// no entry
Die jeweilige ID bekommst du raus, indem du jedem Steuergerät im FS-Menü irgendeine unsinnige Funktion zuweist (z.B. Höhenruder auf den Leistungshebel) und dir danach die fs9.cfg anschaust. Wie gesagt, ist es eine ohnehin vorgesehene Funktion, bekommst du keinen Eintrag in der fs9.cfg. Dann machst du für jedes deiner Steuergeräte einen entsprechenden Eintrag in der fs9.cfg
[JOYSTICK_MAIN {6ED07F00-5C02-11DC-8003-444553540000}]
// no entry
[JOYSTICK_SLEW {6ED07F00-5C02-11DC-8003-444553540000}]
// no entry
Der SLEW-Eintrag ist deswegen wichtig, weil sonst irgendwelche idiotischen Slew-Zuordnungen eingerichtet werden und das Flugzeug unkontrolliert irgendwohin saust, wenn du die Schnellverstellung einschaltest. Wenn du jetzt alles über FSUIPC aircraft specific einrichtest und immer mit dieser fs9.cfg startest, gibt es keine Kollisionen und Überschneidungen mehr. Alternativ kannst du natürlich auch mit mehreren individuell eingerichteten fs9.cfg arbeiten und FSUIPC außen vor lassen. Allerdings hast du mit FSUIPC mehr Möglichkeiten.
Gruß
Boris