Das ist ganz einfach zu erklären: Wenn Simstarter die Konfiguration verwaltet, werden bei jedem Start des P3D alle Config-Dateien, die in einem Simstarter-Profil eingetragen sind, neu geschrieben, und zwar aus den xml-Dateien von Simstarter. Wenn du also etwas dauerhaft ändern willst, musst du das in Simstarter machen. Oder du musst zumindest ein Mal die geänderte Konfiguration nach dem Beenden des P3D in Simstarter einlesen - vor dem nächsten Start.
Der nicht benötigte Grafikkarten-Eintrag ist unkritisch; der würde nur dann gelesen, wenn die betreffende Karte wieder aktiv wird.